Mục tiêu của chuyên ngành vi sinh là đào tạo nguồn nhân lực có chất lượng cao trong lĩnh vực vi sinh vật học. Học viên sau khi tốt nghiệp có kiến thức khoa học nền tảng, có kỹ năng chuyên sâu cho nghiên cứu về vi sinh vật, có khả năng làm việc tốt và thích ứng với môi trường năng động trong nền kinh tế thị trường.